No Onimusha 3, Samanosuke, ao enfrentar o inimigo, é enviado, acidentalmente, ao futuro, mais especificamente à Paris atual, onde se encontra Jaques (personagem de Jean Reno), o qual, logo após tal encontro, também acidentalmente, atravessa essa fenda no tempo e chega ao Japão do Século XVI. Os dois protagonistas lutam em épocas diversas, inclusive se ajudando mutuamente através da Ako, para deterem os planos da GENMA.A flexibilidade em mudanças de armas e trocas seqüenciadas de séculos (XVI e XXI) pautam o jogo.
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